Szpital we Fromborku, jako katolicki ośrodek dla niepełnosprawnych, powstał dzięki staraniom Kanonika Andreasa Hinzmanna. Kulminacja działań inicjujących budowę nastąpiła w 1923 roku a formalne potwierdzenie decyzji o budowie Ortopedycznego Szkolno-Leczniczego Zakładu we Fromborku, miało miejsce podczas Kongresu w Królewcu w roku 1924. Do projektu przyłączył się niemiecki związek Caritas. O lokalizację ośrodka na swoim terenie starało się aż siedem warmińskich miast. Lekarze specjaliści ostatecznie zaopiniowali Frombork, jako miejscowość o zdecydowanie najbardziej sprzyjającym mikroklimacie.
Po wielu trudnościach, w roku 1927 została rozpoczęta budowa. W finansowaniu pomagał biskup Augustyn zaciągajac wysoką pożyczkę. Budowa trwała ponad rok. W sierpniu 1928 roku przyjęto już pierwszych pacjentów. W zakładzie, rocznie wykonywano około stu, często znacznie skomplikowanych operacji ortopedycznych. Kadrę medyczną stanowili najwybitniejsi specjaliści ortopedii z Niemiec.
27 września 1928 roku odbyło się poświęcenie zakładu. Przy tej okazji Kanonik fromborski Hinzmann, za inicjatywę budowy tej placówki, otrzymał nominację na papieskiego prałata. Zakład otrzymał nazwę „Domu Kopernika”.
Zakład był nowocześnie wyposażony i odpowiadał najwyższym wymaganiom. Dysponował 220 łóżkami i posiadał 4 oddziały.
Klinikę ortopedyczną, posiadającą 3 stacje: dla kobiet, mężczyzn i dzieci, razem około 180 łóżek, oddział operacyjny z 3 salami operacyjnymi, gipsownię, gabinet rentgenowski, laboratorium, salę sportową, pomieszczenia do fizykoterapii, masażu, kąpieli leczniczych. Pokoje dla chorych znajdowały się po słonecznej, południowej stronie.
Szkołę dla dzieci niepełnosprawnych, które ze względu na swoje kalectwo nie mogły uczęszczać do szkół miejscowych. Bardzo chore dzieci były uczone przez siostry przy łóżkach. Prowadzono również zajęcia przygotowujące do zawodu. Dla małych dzieci powstało przedszkole. Dzieci miały do dyspozycji plac zabaw.
Dom dla niepełnosprawnych, gdzie przyjmowani byli przede wszystkim pacjenci wymagający stałej opieki lekarskiej.
Cztery warsztaty: ortopedyczny, mechaniczny, kowalski, papierniczy. W warsztatach niepełnosprawni mogli uczyć się zawodu. W zajęciach uczestniczyło 30 uczniów.
Właścicielem ośrodka był niemiecki związek Caritas. Na czele zakładu stała rada, a jej przewodniczącym był duchowny. Opieką lekarską zajmował się wyspecjalizowany lekarz, który miał do dyspozycji jednego lekarza pomocniczego oraz dwóch asystentów. W szpitalu pracowały 23 siostry z zakonu św. Katarzyny, które poza opieką nad chorymi były przeszkolone w zakresie asystowania przy operacjach, wykonywaniu masaży leczniczych i zdjęć rentgenowskich.
Szpital utrzymywał też filię w Elblągu, w której lekarz prowadzący brał regularnie udział w warsztatach i konsultacjach medycznych.
Od 1939 roku uzdrowisko pełniło także funkcję Rezerwowego Lazaretu Wojskowego. Pod koniec wojny placówkę ewakuowano w głąb Rzeszy.
W okresie powojennym ziemie Prus Wschodnich włączono do Polski. Placówkę 17 grudnia 1946 roku przekazano ojcom Salezjanom. W 1948 roku powstało tu Niższe Seminarium Duchowne. Na pierwszy rok zgłosiło się 28 chłopców. Od 1 września 1950 r. zmieniono nazwę instytucji na Niższe Seminarium Duchowne Diecezji Warmińskiej. W dniu 3 lipca 1952 budynek seminarium został zajęty przez milicję, UB i pracowników Wydziału do Spraw Wyznań. Tego dnia zlikwidowano niższe seminaria w całej Polsce.
Obiekt przekazano Wydziałowi Zdrowia Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Olsztynie, gdzie podjęto decyzję o utworzeniu szpitala dla nerwowo i psychicznie chorych. Przeprowadzono remont budynku.
W 1953 roku przyjęto pierwszych 30 pacjentów ze szpitala w Kocborowie. Pierwsi lekarze także pochodzili z tego szpitala. W marcu 1953 roku zakład zatrudniał 20 osób.
Pod koniec lat sześćdziesiątych w Szpitalu przebywało średnio 200 pacjentów a zatrudnionych było ok. 170 osób. Pacjenci przebywali w czterech oddziałach, osobno kobiety i mężczyźni. Na początku lat sześćdziesiątych jeden z oddziałów przekwalifikowano na oddział leczenia nerwic. Uzyskał on status sanatoryjny i przyjmował pacjentów z całej Polski.
Szpital posiadał gospodarstwo rolne i chlewnię, w znacznej mierze obsługiwane przez pacjentów. Pacjenci za pracę otrzymywali symboliczne wynagrodzenie.
Lata siedemdziesiąte wprowadziły zasadę „otwartych drzwi” dając pacjentom możliwość korzystania z przepustek, swobodnego poruszania się po obiekcie i otoczeniu. Powstały oddziały koedukacyjne.
W latach osiemdziesiątych zatrudniono psychologów, włączono do systemu leczenia rehabilitację psychiatryczną w formie psychoterapii i terapii zajęciowej. Zaczęto leczyć również pacjentów uzależnionych od alkoholu i narkotyków.

3 listopada 1997 roku szpital usamodzielnił się jako  Samo­dzielny Publiczny Spec­jalis­tyczny Psy­chiat­ryczny Zakład Opieki Zdrowotnej we Fromborku.

Dla pacjentów i pracowników pozostanie pod tradycyjną nazwą SANATORIUM.